Hamis vádat kreálva ellene, 1949. június 21-én a tövisi vasútállomásra vezető útszakaszon letartóztatták Márton Áron püspököt. Ennek következtében két éven át raboskodott Bukarestben a belügyminisztérium épülete alatti börtönben. 1951. augusztus 6-án koncepciós perben a bukaresti katonai hadbíróság 10 év szigorított fegyházra és életfogytiglani kényszermunkára ítélte. Előbb a nagyenyedi, majd a máramarosszigeti börtönben raboskodott. Később átvitték Bukarestbe, a belügyminisztérium börtönébe, majd néhány nap múlva a Malmaisonba. 1955 márciusában térhetett vissza Gyulafehérvárra. Az esemény hátteréről és Márton Áron szellemiségéről Virt László kutató, a püspök életének kiváló ismerője közölt bejegyzést a közösségi médiában. Gondolatmenetét engedélyével tesszük közzé.
Letartóztatásának oka az volt, hogy nem volt hajlandó olyan „megállapodást” kötni a bukaresti kommunista kormánnyal, ami a katolikus egyházat alárendelte volna a kommunista törekvéseknek. „Hivatalosan” ezt nem fogalmazhatták meg vádként, mert azzal a legfelületesebb emberek előtt is kinyilvánították volna, hogy Romániában „államosítani” akarják az egyházat. Ezért hamis vádat kreáltak, ami az volt, hogy Márton Áron – Tito jugoszláv marsallal és Rajk Lászlóval szövetkezve – át akarja játszani Magyarországnak Erdélyt. Amellett, hogy már e „szereposztás” nevetséges, a bukaresti katonai bíróságon kihirdetett hamis vád átlátszó is.
Márton Áron természetesen az etnikai határok elvét képviselte, a népek önrendelkezésének alapján. (Ezt képviselte ugyanekkor Magyarországon Bibó István is, lásd A kelet-európai kisállamok nyomorúsága című könyvét.) Márton Áron erről az elvéről már az 1946-os csíksomlyói pünkösdi búcsún beszélt, ha ez büntető törvénykönyvi tényállás lett volna még a párizsi békeszerződés előtt is, akkor már 1946-ban letartóztathatták volna. (Márton Áron ezután nem beszélt többé határkérdésről.) 1945 végén az etnikai határok elvét szorgalmazó memorandumot dolgozott ki munkatársaival, és a megfelelő legitimitással bíró erdélyi vezetőkkel együtt, ami kisebb erdélyi területet hagyott volna Magyarországnál, mint ami a második bécsi döntéssel került oda. Ezt a tervezetet, amit 1946 elején eljuttattak a négy nagyhatalomnak, aláírta Vásárhelyi János református püspök is. Erről onnan lehet tudni, hogy Lakatos István, a Márton Áron per 4. rendű vádlottja a ’80-as években mint érintett kikérte a vizsgálati és peranyagot, amit átjuttatott a Magyarságkutató Csoporthoz. A memorandumot szintén aláíró Vásárhelyi János református püspököt nem tartóztatták le, mert ő 1947-ben aláírt egy megállapodást a kommunista kormánnyal, ami jelentős beleszólást engedett a kommunista kormánynak az erdélyi református egyház életébe. Ebből kiderül Márton Áron letartóztatásának valódi oka, ami nem más, mint az, hogy egyházának a Krisztus által adott autonómiáját őrizte.
Bukarest el akarta szakítani Rómától a katolikus egyházat, Márton Áron ennek állt ellen. Nem tagadta meg a tárgyalást, többször leült tárgyalni a kormány képviselőivel, de azt a lépést nem tette meg, amivel feladta volna egyházának a Rómához való hűségét, és amivel elfogadta volna egyházában a kommunista befolyást. A Független Kisgazdapárt lapja, a budapesti Kis Újság 1948. május 20-i száma kolozsvári tudósítói jelentés alapján írja, hogy Márton Áron 1948 tavaszán letette az esküt az akkor életbe lépett román alkotmányra. Az eseményen Petru Groza miniszterelnök beszélt, majd a jelen lévő egyházi vezetők közül Márton Áron szólt. A püspök annak a meggyőződésének adott hangot, hogy „a nagy horderejű kijelentéseket a gyakorlat is igazolni fogja”. Majd pedig hozzátette ehhez az egyházi feltételt: „Akkor pedig az egyház teljes erkölcsi súlyával támogatja majd az államnak az embertestvériséget s a népek boldogulását célzó munkáját” (idéztem a Mindszenty és alternatívái című könyvem 131. oldalán). Márton Áron tehát közölte: „akkor… majd”. Megszabta tehát az együttműködés feltételét, amivel megőrizte egyháza autonómiáját.
Amikor Márton Áront letartóztatták, akkor egy gondolkodó embert zártak börtönbe. Már a ’30-as években az Erdélyi Tudósító és az Erdélyi Iskola oldalain megjelent tanulmányai, majd pedig a ’40-es években kiadott körlevelei és egyházi kiadványként kinyomtatott beszédei is világos értékrend szerint gondolkodó embert mutatnak, és mutatják már akkor is, hogy Márton Áron döntéseit, lépéseit, cselekedeteit következetes gondolkodás alakítja. Majd jöttek azok az évtizedek, amikor – már a börtön után – Márton Áron „csak” az egyházi belső nyilvánosság számára gondolkodhatott: papszenteléseken, diakónusszenteléseken, majd pedig amikor már 1967 végétől, a kényszerlakhely törvényen kívüliséget jelentő állapotának feloldásával visszanyerte szabadságát, akkor a bérmálásokon elmondott beszédei, elmélkedései bekerültek a püspöki (ma érseki) levéltárba. Ezt a roppant nagy, évtizedekig feltáratlan anyagot – sok ’30-as, ’40-es években tartott előadás szövegével együtt – Marton József gyulafehérvári nagyprépost, egyháztörténész professzor tárta fel, és publikálja a Márton Áron hagyatéka című sorozat szaporodó köteteiben. Ezt a hatalmas gondolatmennyiséget látva ma már elmondhatjuk, hogy Márton Áron prohászkai gazdagságú, kristálytiszta gondolkodó volt.
Közben Márton Áront titkosszolgálati eszközökkel figyelte, lehallgatta, leveleit kézbesítés előtt olvasta a politikai rendőrség. Romániában senkiről nem született olyan mennyiségű titkosrendőrségi megfigyelési dokumentum, mint Márton Áronról. Ennek feltárását már több, mint egy évtizede, önzetlen munkával, Márton Áron iránt nagy tisztelettel, Denisa Bodeanu, a Securitate Irattárát Vizsgáló Országos Tanács levéltárosa végzi. Hatalmas anyagot tárt fel már eddig is, amelynek a magyarul való közzétételéhez magyar nyelvű segítség, fordítás szükséges. Denisa Bodeanu előadásokon már több alkalommal ismertette ezeket, mindig új szempontok szerint, több előadásának szövege, tanulmánya is olvasható magyarul. Szükség van arra, hogy az általa feltárt dokumentumokból legalább egy jól szerkesztett válogatás jelenhessen meg, az is testes kötet lenne.
Még börtönben volt Márton Áron, amikor 1954 júliusában Petru Groza, aki akkor a Román Államtanács elnöke (államfő) volt, két vagy három alkalommal felkereste őt a börtönben. A beszélgetések közül kettőről jegyzőkönyv készült, amit Csendes László levéltáros tett közzé. Ezekből egyértelmű, hogy Márton Áron börtönben, fogolyként is éppen úgy beszélt, mint szabadlábon, tanúsítva, hogy a szabadság belülről, a tiszta lelkiismeret felől adatik. A nemzetközi életben Sztálin halála után változások történtek, 1954-ben tartották a genfi négyhatalmi tárgyalásokat. Ugyanakkor Romániában nem volt szabadlábon lévő püspök, és a Márton Áron letartóztatása után, az általa elindított és 1951-ben titkossá váló egyházkormányzati rendszert a hatalom nem látta át, a „békepapok” nem tudták átvenni az egyház irányítását. Ekkor merült fel Márton Áron szabadon bocsátásának lehetősége – hiszen a kommunisták tudták legjobban, hogy amivel megvádolták, az nem igaz.
A Petru Grozával folytatott tárgyalásokon megpróbáltak feltételeket támasztani annak érdekében, hogy Márton Áron kimehessen a börtönből. Márton Áron semmilyen feltételt nem fogadott el. Két mondat a jegyzőkönyvből: „Engem hagyjanak továbbra is börtönben. Nehéz a börtönélet, de ha kedves is számomra a szabadság, nem ragaszkodom hozzá bármi áron.” Denisa Bodeanu is megerősíti a levéltári dokumentumokból, hogy Márton Áron nem ígért semmit a kommunista hatalomnak szabadulásáért cserébe. Ezt a kommunista hatóságok 1955 márciusára tudomásul vették.
