Mint ismeretes, Márton Áron püspököt 1949. június 21-án irodaigazgatójával, Ferencz Benjaminnal együtt tartóztatták le. Az alábbiakban Virt László összeállítását olvashatják az ominózus napról, illetve az esemény kontextualizálásáról.
Márton Áron letartóztatásának oka az volt, hogy nem volt hajlandó olyan ,,megállapodást” kötni a bukaresti kommunista kormánnyal, ami a katolikus egyházat alárendelte volna a kommunista törekvéseknek. ,,Hivatalosan” ezt nem fogalmazhatták meg vádként, mert azzal a legfelületesebb emberek előtt is kinyilvánították volna, hogy Romániában ,,államosítani” akarják az egyházat. Ezért hamis vádat kreáltak, ami az volt, hogy Márton Áron Tito jugoszláv marsallal és Rajk Lászlóval szövetkezve, át akarja játszani Magyarországnak Erdélyt. Amellett, hogy már e ,,szereposztás” is nevetséges, a bukaresti katonai bíróságon kihirdetett hamis vád átlátszó is. Márton Áron természetesen az etnikai határok elvét képviselte, a népek önrendelkezésének alapján. (Ezt képviselte ugyanekkor Magyarországon Bibó István is, ld. a Kelet-európai kisállamok nyomorúsága c. könyvét.) Márton Áron erről az elvéről már az 1946-os csíksomlyói pünkösdi búcsún beszélt, ha ez büntető törvénykönyvi tényállás lett volna még a párizsi békeszerződés előtt is, akkor már 1946-ban letartóztathatták volna. (Márton Áron ezután nem beszélt többé határkérdésről.) 1945 végén az etnikai határok elvét szorgalmazó memorandumot dolgozott ki munkatársaival, és a megfelelő legitimitással bíró erdélyi vezetőkkel együtt, ami kisebb erdélyi területet hagyott volna Magyarországnál, mint ami a második bécsi döntéssel került hozzá. Ezt a tervezetet, amit 1946 elején eljuttattak a négy nagyhatalomnak, aláírta Vásárhelyi János református püspök is. Erről onnan lehet tudni, hogy Lakatos István, a Márton Áron-per 4. rendű vádlottja a 80-as években mint érintett kikérte a vizsgálati és peranyagot, amit átjuttatott a Magyarságkutató Csoporthoz, ahol akkor e sorok szerzője is hozzáfért. A memorandumot szintén aláíró Vásárhelyi János református püspököt nem tartóztatták le, mert ő 1947-ben aláírt egy megállapodást a kommunista kormánnyal, ami jelentős beleszólást engedett a kommunista kormánynak az erdélyi református egyház életébe. Ebből kiderül Márton Áron letartóztatásának valódi oka, ami nem más, mint az, hogy egyházának a Krisztus által adott autonómiáját őrizte.
Bukarest el akarta szakítani Rómától a katolikus egyházat, Márton Áron ennek állt ellen. Nem tagadta meg a tárgyalást, többször leült tárgyalni a kormány képviselőivel, de azt a lépést nem tette meg, amivel feladta volna egyházának a Rómához való hűségét, és amivel elfogadta volna egyházában a kommunista befolyást. A Független Kisgazdapárt lapja, a budapesti Kis Újság 1948. május 20-i száma kolozsvári tudósítói jelentés alapján írja, hogy Márton Áron 1948 tavaszán letette az esküt az akkor életbe lépett román alkotmányra. Az eseményen Petru Groza miniszterelnök beszélt, majd a jelen lévő egyházi vezetők közül Márton Áron szólt. Márton Áron annak a meggyőződésének adott hangot, hogy ,,a nagy horderejű kijelentéseket a gyakorlat is igazolni fogja”. Majd pedig hozzátette ehhez az egyházi feltételt: ,,AKKOR pedig az egyház teljes erkölcsi súlyával támogatja MAJD az államnak az embertestvériséget s a népek boldogulását célzó munkáját.” (Idézet e sorok szerzőjének Mindszenty és alternatívái c. könyv 131. oldaláról.) Márton Áron tehát közölte: ,,akkor… majd” – amivel megszabta az együttműködés feltételét, hogy megőrizte egyháza autonómiáját.
Márton Áront már az 1949 júniusi bérmakörútja végén le akarták tartóztatni. Gaal Tamás felcsíki főesperes ezt írta erről a feljegyzésében: „Június 13-án, a székelyudvarhelyi autó tulajdonos, Serbán 10 órakor eléállott és arra vállalkozott önként, hogy a Kegyelmes Urat hazaszállítja Gyulafehérvárra. Állítólag a kommunisták Csíkszeredában le akarták tartóztatni, evégből a csíksomlyói községházán a telephonnál lesték az indulást, mikor indult jelentették, és a szeredai készültség felkészülve várta. A Kegyelmes Úr azonban nem érkezett, mert Serbán a gymnáziumnál Taploca felé fordult és az erdőalji úton kikerülve Szeredát, ment neki a Tolvajosnak. Mikor észrevették ezt a kommunisták, utána iramodtak, de lemaradtak. Így lett vége a felcsíki 1949-es bérmaútnak, mely a történelem lapjaira kívánkozik.”
Márton Áron ekkor már hónapok óta azon dolgozott, hogy miként lehet megállapodni a kormánnyal úgy, hogy az egyház törvénye és autonómiája, a Rómához való hűség ne sérüljön. Amint Gaal Tamás felcsíki főesperes írja, Márton Áron ekkor is átdolgozta a tervezetet, és 1949. június 21-án irodaigazgatója, Ferencz Béni kíséretében Bukarestbe utazott, hogy a kormánnyal tárgyaljon. Taxival ment Gyulafehérvárról a tövisi állomásra, hogy ott felszálljon a bukaresti gyorsra. „Útközben az autónak műdefektje lett (a sofőr géphibát színlelt; V. L.), nemsokára megérkezett a Sigoránca autója és udvariasan felajánlotta a szolgálatát. Mivel kegyelmes atyánk nem fogadta el, letartóztatták és mivel Ferencz Béni nem hagyta el, őt is elvitték ismeretlen helyre. Egy éjjel együtt voltak. Ferencz Bénit pontosan két évre (két év múlva; V. L.) elengedték, és a szamosújvári örmény plébániára kényszerítették. Kegyelmes Atyánk hollétéről állandóan jöttek a legkülönbözőbb hírek, sőt halálhíre is, de bizonyosat senki nem tudott.”
Amikor Márton Áront letartóztatták, akkor egy gondolkodó embert zártak börtönbe. Már a 30-as években az Erdélyi Tudósító és az Erdélyi Iskola oldalain megjelent tanulmányai, majd pedig a 40-es években kiadott körlevelei, és egyházi kiadványként kinyomtatott beszédei is világos értékrend szerint gondolkodó embert mutatnak, és mutatták már akkor is, hogy Márton Áron döntéseit, lépéseit, cselekedeteit következetes gondolkodás alakítja. Majd jöttek azok az évtizedek, amikor – már a börtön után – Márton Áron ,,csak” az egyházi belső nyilvánosság számára gondolkodhatott: papszenteléseken, diakónusszenteléseken, majd pedig amikor már 1967 végétől, a kényszerlakhely törvényen kívüliséget jelentő állapotának feloldásával, visszanyerte szabadságát, akkor a bérmálásokon elmondott beszédei, elmélkedései bekerültek a püspöki (ma érseki) levéltárba. Ezt a roppant nagy, évtizedekig feltáratlan anyagot – sok 30-as, 40-es években tartott előadás szövegével együtt – Marton József gyulafehérvári nagyprépost, egyháztörténész professzor tárta fel, és publikálta a Márton Áron hagyatéka c. sorozat összesen 28 kötetében. Ezt a hatalmas gondolatmennyiséget látva, ma már elmondhatjuk, hogy Márton Áron prohászkai gazdagsagú, kristálytiszta gondolkodó volt.
Még börtönben volt Márton Áron, amikor 1954 júliusában Petru Groza, aki akkor a román államtanács elnöke (államfő) volt, két vagy három alkalommal felkereste őt a börtönben. A beszélgetések közül kettőről jegyzőkönyv készült, amit Csendes László levéltáros tett közzé. Ezekből egyértelmű, hogy Márton Áron börtönben, fogolyként is éppen úgy beszélt, mint szabadlábon, tanúsítva, hogy a szabadság belülről, a tiszta lelkiismeret felől adatik. A nemzetközi életben Sztálin halála után változások voltak, 1954-ben voltak a genfi négyhatalmi tárgyalások, majd 1955-ben megkötötték az osztrák államszerződést. Ugyanakkor Romániában nem volt szabadlábon lévő püspök, és a Márton Áron letartóztatása után, a Márton Áron által elindított, és 1951-ben titkossá váló egyházkormányzati rendszert a hatalom nem látta át, a ,,békepapok” nem tudták átvenni az egyház irányítását. Ekkor a nemzetközi közvéleménynek és a Márton Áronhoz hű, titkos egyházkormányzatnak is köszönhetően, merült fel Márton Áron szabadon bocsátásának lehetősége — hiszen a kommunisták tudták legjobban, hogy amivel ők megvádolták, az nem igaz. A Petru Grozával folyó tárgyalásokon megpróbáltak feltételeket támasztani annak érdekében, hogy Márton Áron kimehessen a börtönből. Márton Áron semmilyen feltételt nem fogadott el. Két mondat a jegyzőkönyvből: ,,Engem hagyjanak továbbra is börtönben. Nehéz a börtönélet, de ha kedves is számomra a szabadság, nem ragaszkodom hozzá bármi áron.” Denisa Bodeanu, aki a bukaresti levéltárban kutatja a Márton Áronról született hatalmas titkosszolgálati anyagot, szintén megerősíti a levéltári dokumentumokból, hogy Márton Áron nem ígért semmit a kommunista hatalomnak szabadulásáért cserébe. Ezt a kommunista hatóságok 1955 márciusára tudomásul vették.
